在行政執法過程中，商標案件往往涉及到異議、爭議和注冊不當撤銷等程序。涉及異議程序的商標案件指投訴人認為被投訴人處于異議的商標侵犯了其注冊商標專用權的案件；涉及爭議的商標案件指投訴人對被投訴人的商標提出爭議裁定申請同時又請求對該被爭議商標進行查處的案件；涉及注冊不當程序的商標案件指被投訴人在被查處過程中以注冊不當為由提出撤銷投訴人注冊商標的案件。雖然修改前后的《商標法》及相關細則、條例都沒有關于解決上述問題的明確規定，但是可以根據法律的整體規定和有關細節規定尋找上述問題的解決思路。

    首先，涉及異議程序的商標案件的處理。被提出異議的商標面臨兩種直接的結果：異議成立，商標不予注冊；異議不成立，商標予以核準注冊。如果發生前一種結果，執法機關查處被異議商標顯然合法。如果發生后一種結果看上去似乎不合法，但是根據實施條例的規定：經異議裁定核準注冊的商標，自該商標異議期滿之日起至異議裁定生效前，對他人在同一種或者類似商品上使用與該商標相同或者近似的標志的行為不具有追溯力。因此可以作出這樣的延伸理解：既然對他人在同一種或者類似商品上使用與該商標相同或者近似的標志的行為不具有追溯力，那么對于由于投訴人認為該商標與其注冊商標近似而請求執法機關查處的侵權案件，當然也就不應該具有追溯力。從《商標法》宗旨來看，也不難理解：《商標法》只保護注冊商標，對他人使用的未經核準注冊的涉嫌侵權商標，執法機關當然有權查處，這也符合執法機關靈活、高效、快捷的特點。

    其次，關于涉及爭議程序的商標案件的處理問題。關于商標爭議的概念，《商標法實施條例》規定是指在先申請注冊的商標注冊人認為他人在后申請注冊的商標與其在同一種或者類似商品上的注冊商標相同或者近似，換句話說也就是被爭議商標與爭議商標須具有構成商標侵權的可能，只要有構成侵權的可能商標注冊人就有權利提出爭議裁定申請，但提出爭議裁定申請并不意味著被爭議商標一定會對爭議商標構成侵權（因為商標一經注冊即受法律保護，即享有專用權，即合法存在）只有當有關機構裁定撤銷，該被爭議商標才可能構成侵權。執法機關對投訴的被爭議商標案件不進行受案和處理，正是尊重法律、捍衛注冊商標權的表現。

    再次，關于涉及撤銷注冊不當商標案件的處理問題。關于注冊不當商標，修改后的《商標法》規定了若干種情形。以注冊不當為由而被申請撤銷的商標在其被申請撤銷以前其權利是存在的，被申請撤銷可能面臨兩種結果：一種結果是注冊商標被撤銷。此結果出現之前，執法機關如果中止對案件的處理是合法的，因為根據《商標法實施條例》的規定，由于注冊不當而被撤銷的商標，其商標專用權視為自始即不存在；反之，執法機關不中止案件的處理，也是合法的，因為同樣根據《商標法》及其《實施條例》的規定，有關撤銷注冊商標的決定或者裁定，對工商行政管理部門作出并已經執行的商標侵權案件的處理決定，不具有追溯力。另一種結果是商標未被撤銷繼續存在，原因是該商標雖然可能是不當注冊商標但撤銷的理由、證據不足，或者該商標從實體上根本就不是注冊不當商標，而是當事人出于某種意圖惡意提起撤銷申請。此結果出現之前，執法機關如果不中止對案件的處理顯然是合法的；反之，執法機關如果中止對案件的處理則帶有一定的風險。實踐中，根據有關規定，可以讓被投訴人提供經濟擔保：一方面可以約束被投訴人，另一方面，可以使被投訴人切實承擔行政責任和民事責任，從而降低執法風險。當有關機構作出駁回注冊不當請求的裁定后，執法機關應恢復對案件的查處工作。很明顯，涉及注冊不當程序商標案件對于行政執法工作來說是一種考驗，是一種“風險”執法。對于執法機關來說，解決此類案件應具備這樣幾個基本素質：首先是樹立全局觀念，不能有狹隘的地方主義或部門思想；其次是要熟悉商標法律法規，增強綜合判定能力，特別是對于帶有明顯惡意提出注冊不當申請阻撓執法的，應果斷作出判斷；最后是要準確調查取證，嚴密執法程序。